Hacia el año de 1588 esta Hacienda registra su origen. Las condiciones climáticas de la zona, la calidad de sus tierras y la disponibilidad de agua, provocan que los Frailes de la Orden de los Franciscanos colonizadores llegados de España, se establecieran en la Región, con la idea de Colonizar y lograr la Conversión de las Etnias Mayas al Cristianismo. Durante más de doscientos años la Hacienda se convierte en punto de reunión de clérigos y militares, quienes departen el diferente interés de la cristiandad y ocupación de la península.
En el siglo XIX durante la Guerra de Castas (1843) fue ocupada por los Criollos quienes hicieron de ella baluarte y fortaleza, pretendiendo detener el avance de las legiones de los indios mayas, quienes cruelmente sojuzgados por los colonizadores y sus herederos, buscaban la libertad. Durante la mencionada guerra la Hacienda fue semidestruida y en su mayoría quemada.
Algunos años después, terminada la guerra de Castas,con serias bajas para ambos mandos, la Hacienda se reconstruyó, convirtiéndose nuevamente en alto obligado en el camino para quienes tras largas jornadas de travesía pretendían descansar, así lo hizo entonces la Emperatriz Carlota, durante el Imperio de su esposo Maximiliano de Habsburgo, en tiempos de la intervención francesa. De ahí el origen del nombre que se le brinda al camino entre Mérida y la Ciudad de Campeche conocido como el “Camino Real” F.
En el año de 1915, la Hacienda Blanca Flor nuevamente se convierte en figura de la historia; el pueblo del Estado de Yucatán, inconforme con las decisiones tomadas por el inestable Gobierno Federal, en plena Revolución Mexicana, se levanta en armas y busca su Separación de México, el controvertido Gobierno de ese entonces, envía tropas federales al mando del Coronel Argumedo, a detener la rebelión y las tropas Yucatecas conformadas por Mayas, Mestizos, Criollos, y Propietarios de las tierras, toman posesión de la Hacienda a fin de detener la marcha de los soldados federales hacia Mérida. En los patios y techos de la vieja iglesia, se atrincheran las fuerzas independentistas donde colocan ametralladoras, cañones, y armas de alto poder, vuelan con dinamitas las vías del tren donde viajaban las tropas federales y la Hacienda es nuevamente campo de batalla, quedando semi destruida, primero como consecuencia de las balas, de las cuales aún existen vestigios en los muros de su Iglesia, y después se le prende fuego, durante semanas arde.
A partir de entonces permaneció en el abandono más brutal; hasta que poco tiempo después del movimiento revolucionario la Hacienda fue adquirida por un reconocido e influyente personaje de la península, con el objeto de producir el henequén, que se había convertido por la calidad y resistencia de sus fibras en el denominado “Oro Verde” Yucateco, que como la mayoría de las haciendas de la zona sembraba, cosechaba y comercializaba en los mercados internacionales a través de sogas, cabos para barcos , sacos, etc.
El avance la tecnología y de los derivados del petróleo como el Nylon, Polipropileno, Polietileno, llevaron a la quiebra a la mayoría de las Haciendas productoras de Henequén del Siglo XX, quedando la Hacienda nuevamente en el abandono. Es la década de los 70´s del siglo XX, cuando el Dr. Roberto Casillas Hernández, Abogado, Historiador y Constitucionalista, enamorado del valor histórico de la misma, la adquirió, y remodeló, de acuerdo a lo más cercano de su construcción original.
Pronto irán tomando forma sus corredores, pisos , arcos y sostenidas losas. Lo que fue el primer cuarto de máquinas para la fabricación del Zosquil, una vez raspado el henequén se convierte en comedor, el pozo que surtía el agua para el lavado de hojas de henequén, en piscina y las oficinas principales en salas de conferencias. Todos los diseños de remodelación son cuidadosamente inspirados en su estructura original. Una monumental figura de San Francisco de Asís de una sola pieza, encontrada en las ruinas de la iglesia. Es símbolo de sus fundadores, la Iglesia, construida sobre un cementerio indio, es fiel guardián de su heredad y de más de 450 años de Historia.